到庞家屯、赵家圈的黄河贾鲁故道，所谓“疏浚下流”就是以疏浚秦沟、浊河来减弱黄河水势，从而浚通南阳到留城这一段运河故道。但朝廷本着漕运优先的原则，并未采取潘季驯的方案。

　　隆庆三年至四年，黄河、淮河相继发生水灾，从睢宁至宿迁之间的180余里河道淤塞，上千艘粮船受阻不能前进，朝野震惊。在这种情况下，朝廷再次任丁忧期满的潘季驯为总河。潘季驯经过多次实地勘察之后，提出只有高筑堤防才能避免这段河道再次冲决。但这个工程过于浩大，花费不小，而明朝廷当时国库空虚，潘季驯权衡之后，上疏朝廷，提议筑塞决口，开渠引水疏浚淤河，使漕船尽快顺利通过。明朝廷以保运为主，很快就采纳了潘季驯的建议。在潘季驯的指挥下，工程效率极高，在隆庆五年六月基本完工。

　　万历初年，黄河、淮河屡次决口，运道又频繁被阻。在张居正的建议下，潘季驯被任命为总理河漕大臣，这一次，他兼管治河与治漕，取得了最为辉煌的成果。在和助手江一麟走遍了河南、山东、南直隶等省市，将水患灾害一一查阅明白后，潘季驯形成了全面综合治理黄、淮、运的方案：一是加修河岸堤坝，以“束水攻沙”。在河道旁筑缕堤（靠近河边修筑的小堤，堤身低矮，形状如丝缕，因此得名，可以束水归漕，以水攻沙）和遥堤（筑在缕堤以外，距河岸较远，用来防范特大洪水，可以拦截洪水，防止溃决），同时解决攻沙和防洪两大问题；二是堵塞高家堰决口，使淮水尽从清口出，以“蓄清刷黄”，冲沙入海。

　　万历十六年五月，明朝廷再次任命潘季驯总理河道。与前三次相同，潘季驯上任后，即沿河勘视。在第四次治河期间，潘季驯完成了几件大事：一是指挥完成了山东、河南、南直隶三省境内的堤防修守工程；二是开奎山支河，泄除徐州城因黄河决堤所积之水；三是提出淤滩固堤的治理思想，即在检查遥堤坚固的前提下，主动决缕堤引水进沙，水退沙淤则滩随之增高，利用黄河的泥沙来巩固堤坝；四是完成水利史著作《河防一览》，对自己这些年对黄淮运治理的经验进行总结。

　　嘉靖二十九年春，29岁的潘季驯从家乡乘舟北上进京参加会试，第一次领略了黄、淮、运的风情。当时的他不会想到，对这些河流的治理将耗费他半生的心血。他也不会想到自己会因此而留名青史。潘季驯提出的束水攻沙、蓄清刷黄、淤滩固堤等思想备受后世的治河家们推崇，如清代的靳辅、陈潢、张鹏翮等，几乎都受到了潘季驯的影响，甚至，在今天，他的治理思想仍为我们的治河实践提供着有益的启示。