石油是由古代生物生成的观点被大多数学者认同，然而，随着全球范围内石油勘探难度的增加和人们对油田认识的加深，越来越多的现象用“石油有机成因”的理论无法或难以解释，一些学者对油气“有机成因”的质疑声再起。

有机成因说难以解释的现象

 石油是由古代生物生成的，即有机成因，这一点也被大多数学者认同：石油是在伴随水域的沉积地质发展过程中，由以低等生物为主的动植物遗体，在长期稳定的还原环境、良好的埋藏条件和适当的温度下，经由复杂的物理化学、生物化学作用转变而成。

 石油有机成因假说的主要依据包括三方面：一是石油馏分具旋光性，生物有机质普遍具有这种旋光性，而无机质则普遍不具有这种旋光性。二是现代沉积物及古代沉积物中都含有构成石油的各种烃类生物标志化合物。三是世界上99％以上的油气田都分布在富含有机质的沉积岩区。

 近年来，许多长期从事油气勘探的专家学者们遇到了一些难以用石油“有机成因理论”圆满解释的“为什么”：

 ——为什么一些地区找到了大约15亿年前形成的石油?按照传统的石油地质与生物学理论，当时的生物量似乎并不足以形成石油。为什么在不合生物的地层中也能找到石油？加拿大阿尔伯塔省的阿塔巴斯河区和美国堪萨斯的克拉富特——普鲁斯油田的所在地就没有富含生物的沉积岩层；我国华北北部燕山山脉中发现了距今约8亿年前的古油藏和大量散布的油迹，古生物分析表明，当时只有并不丰富的古老藻类和蠕虫类生物。

 ——为什么许多大型油气田都分布在地壳的大型线状断裂带上？它们的分布显然受地球板块的边界控制，比如美国在洛杉矶的逆掩断裂带上发现了19个油田——那里大多是板块或者地块的结合带。我国新疆克拉玛依油田在著名的克-乌断裂带附近找到了十余个油气田，而离开这条断裂带数千米处所打的井大多是干井或低产井？